PROTEUS es un cluster de computación compuesto por nodos que difieren tanto en sus características como en su propósito o función que realizan dentro del mismo. Entre otros, PROTEUS está construido usando las siguientes piezas de software:
- Nodos de login y computación: Almalinux 8.8 (versión libre de Red Hat Enterprise Linux (RHEL))
- Planificador de recursos: Slurm
- Sistema de gestión de software: lmod
- Sistema de almacenamiento: Ceph y Lustre
Además de este software base, se dispone de una serie de aplicaciones optimizadas específicamente para la arquitectura de PROTEUS. Los usuarios también pueden desarrollar su propio software o solicitar que el administrador lo instale por él.
Sistema operativo y aplicaciones
Los nodos de login y de computación comparten la misma imagen de sistema operativo, que es una instalación mínima de la distribución Almalinux 8.8 (versión libre de Red Hat Enterprise Linux (RHEL)). Esta imagen contiene un número mínimo de programas y herramientas. El resto del software disponible se encuentra en un punto de montaje separado, organizado y optimizado por las arquitecturas de CPU de los nodos de computación. Entre las aplicaciones disponibles se puede encontrar una compiladores, bibliotecas matemáticas, herramientas, programas científicos, etc.
La ventaja de separar el sistema operativo de las aplicaciones es que se pueden añadir, recompilar y mantener varias versiones de ellas sin afectar al SO. De esta forma, es posible añadir nuevo software globalmente y cada usuario puede elegir qué software usa en su entorno de trabajo.
Acceso a las aplicaciones
Para usar las apliaciones disponibles en PROTEUS, es necesario cargarlas en el entorno de trabajo antes de poder iniciarlas. El sistema de Module Environments se encarga de gestionar las variables de entorno a través de módulos (ver siguiente sección).
Solicitud de software
Se puede solicitar la instalación de nuevo software, especialmente si se trata de software libre. En caso que sea software es de pago, el interesado deberá proporcionar la licencia, con la condición de que esté disponible para todos los usuarios.
Desarrollo de programas
Para evitar problemas de compatibilidad, lo recomendable es compilar el código fuente en PROTEUS. Se dispone de diferentes versiones de compiladores: gcc, intel, aocc,…
Todos los procesadores de PROTEUS son x86_64, Intel o AMD, de sucesivas generaciones. Si se quiere optimizar el código, es importante planificar en qué nodos correrá el programa y conocer su arquitectura.
