Manual de uso

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Ejemplos de uso

Utilizando srun (recomendado solo para sesiones interactivas)

Las sesiones interactivas pueden ejecutarse dentro de un shell programado utilizando el comando srun. Por ejemplo:

$ srun -N2 -n2 -exclusive --time=00:00:10 hostname

Solicita dos servidores o nodos (N2) y envía dos tareas (n2) en modo exclusivo, (-exclusive) y ejecuta el
comando “hostname“, con un tiempo máximo de ejecución de 10 segundos.

Solo se recomienda usar srun para sesiones interactivas porque srun se queda esperando a que se haga la reserva de recursos y termine el trabajo.

Utilizando sbatch

Generar un script job.sh con el siguiente contenido:

#!/bin/sh
#SBATCH -N 2 # solicita dos nodos
#SBATCH -n 2 # dos tareas en total
#SBATCH -p short # solicita la partición específica. Pueden solicitarse varias separadas por comas
#SBATCH -t 00:00:30 # 30 sec ejecución
srun hostname

Y enviar el trabajo con el comando:

$ sbatch ./job.sh

Las opciones de sbatch se pueden cambiar en el momento del envío. Así, para enviar el script anterior a la
partición​ cola-corta ​ sin cambiar el script, se ejecutaría:

$ sbatch -p cola-corta ./job.sh

Nota: Es obligatorio especificar el tiempo máximo de ejecución con la opción –time=HH:MM:SS (o de forma reducida -t HH:MM:SS)

Reserva de memoria

En PROTEUS, Slurm por defecto reserva 700MB de memoria por cada core solicitado. En el caso de necesitar más memoria hay que especificarlo con las opciones ​ –mem ​ y
–mem-per-cpu ​ .

A continuación se muestran ejemplos de solicitud de reserva de memoria.

Trabajo que no usa paralelización  requiere de 6GB de memoria:
$ sbatch -n 1 --mem=6GB script.sh

Si lo que queremos es más de un core para una tarea, y que cada core tenga 20GB de memoria habría que hacer:
$ sbatch -n 1 --cpus-per-task=2 --mem-per-cpu=20GB script.sh

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