Algunas de las aplicaciones usadas en HPC cuentan con una interfaz de usuario gráfica (GUI) para facilitar su uso o para permitir la visualización de los datos.
En PROTEUS existen dos mecanismos para poder interaccionar con aplicaciones con GUI:
- X11 GUI Forwarding, que consiste en el redireccionamiento del protocolo X a través de un túnel SSH
- Open OnDemand, que permite en acceder a algunas aplicaciones y a un escritorio remoto mediante un navegador web
