Guía Rápida

¿Cómo puedo acceder a PROTEUS?

Primero, es necesario que tengas una cuenta de usuario para los Servicios Informáticos del iC1. Puedes comprobar si puedes optar a tener una aquí.

¿Cómo se usa PROTEUS?

PROTEUS es un cluster de computación. Es decir, un conjunto de nodos que se coordinan y trabajan conjuntamente para realizar tareas. Aquí puedes aprender más sobre sus especificaciones de hardware y su arquitectura. Los nodos de PROTEUS se clasifican en:

  • Nodos de gestión
  • Nodos de computación
  • Nodos de almacenamiento

 

proteus.ugr.es es el nodo que sirve de entrada (login) al cluster, pero desde éste no se pueden ejecutar programas. Hay que enviar los trabajos a los nodos de computación. Sin embargo, estos nodos no son accesibles de forma directa. Para ejecutar trabajos hay que usar el gestor de colas que se encarga de administrar el cluster.

¿Qué es un gestor de colas?

Un gestor de colas es una aplicación que se encarga de administrar recursos informáticos. Mantiene una lista (cola) con los trabajos que se han de ejecutar, teniendo en cuenta una serie de reglas de prioridad.

Por ejemplo, se reservarán los recursos particulares que necesite un programa en concreto, y se pondrá en espera si no están disponibles en un momento dado. El programa se ejecuta automáticamente cuando los recursos necesarios están disponibles de nuevo y es nuestro turno en la cola. Los usuarios con menor tiempo de cálculo utilizado tienen prioridad en caso de que el cluster esté saturado.

En PROTEUS se usa el gestor de colas Slurm, muy usado en infraestructuras de este tipo.

¿Cómo utilizar el gestor de colas Slurm para enviar trabajos al cluster?

Para enviar un trabajo es necesario utilizar el gestor de colas. Para ello, se crea un un fichero de descripción de trabajo, en el que se indican los parámetros del trabajo, como por ejemplo el nombre del ejecutable y el directorio de trabajo, los requisitos de hardware (número de procesadores, el espacio de memoria y discos necesarios, etc.), o el tiempo máximo de ejecución.

¿Qué son las particiones de Slurm?

Las particiones son una especie de colas. Cada partición tiene sus propias características, como por ejemplo el número máximo de recursos que se pueden reservar o el tiempo máximo de ejecución. De acuerdo con las necesidades del trabajo, lo mandaremos a una partición o a otra.

Es necesario conocer las particiones disponibles en PROTEUS para elegir aquellas que mejor se adapten a nuestros trabajos. Puedes aprender mas sobre las particiones aquí.

¿Cómo interacciono con Slurm?

Las principales acciones son:

  • Ver los trabajos en cola
    squeue
  • Ver mis trabajos
    mi_squeue
  • Cancelar un trabajo
    scancel id
  • Ver la prioridad de los trabajos
    sprio
  • Ver estadísticas de uso de un trabajo
    sacct -j id

¿Qué programas puedo usar en PROTEUS?

Puedes utilizar tus propios programas en PROTEUS. También hay disponibles una serie de programas de índole científico como Gomacs, Octave o gnuplot. Para ver la lista completa de programas disponibles, existe la orden:

module av

Otros programas accesibles en PROTEUS son:

  • Compiladores GNU GCC/G++ y GFortran, en varias versiones
  • Intel Parallel Studio 2017 y 2018
  • LLVM

¿Cómo compilo mis programas?

Es conveniente compilar los programas en PROTEUS para evitar problemas de compatibilidad con distintas versiones de bibliotecas.

En PROTEUS puedes compilar tus propios programas (bien porque tú mismo los hayas desarrollado, bien porque tengas el código fuente) usando los compiladores de C/C++ y Fortran que hay disponibles. También puedes usar lenguajes interpretados como Python.

¿Cómo transfiero archivos entre mi equipo y PROTEUS?

La transferencia de ficheros se realiza a través del protocolo SFTP. Para hacerlo de manera más fácil, se aconseja usar un cliente con interfaz gráfica, como es el caso de Filezilla.

¿Cuántos trabajos puedo lanzar simultáneamente?

No hay límite en el número de trabajos que pueden estar en cola, activos o en espera. Para garantizar un uso equitativo entre todos los usuarios se utiliza un sistema de prioridades. La prioridad de cada usuario se calcula en función de los recursos que haya consumido en las últimas semanas. Así, los trabajos de un usuario que no haya utilizado últimamente el cluster tendrán la máxima prioridad a la hora de realizar la asignación de recursos.

Normativa de uso

Para hacer uso de los servicios computacionales ofrecidos por el iC1, debe acceder a seguir las guías descritas en la normativa de uso.